手术是治疗子宫内膜异位症的有效手段，其对于缓解疼痛和促进生育功能的效果显著。对于不同的患者，手术方案也会有所不同，主要包括保守性手术、保留卵巢功能的手术以及根治性手术。
保守性手术的主要目标是切除病灶、分离粘连、重建卵巢并修复组织。这种手术适用于年轻且有生育需求的妇女，特别是那些药物治疗无效的患者。手术可以通过腹腔镜或剖腹直视下进行，尽可能切除或灼除内膜异位灶，同时保留子宫及部分卵巢。
腹腔镜手术是一种先进的手术方式，它不仅可以确诊内膜异位症，还可以进行多种手术操作。在腹腔镜下，医生可以完成病灶切除、粘连分离等任务。对于卵巢巧克力囊肿，可以通过穿刺抽液后注入无水酒精来治疗。这种手术方式的优点在于，术后妊娠率可以达到70%以上。如同所有手术一样，复发仍然是可能的。
对于那些粘连广泛、病灶巨大的患者，特别是患有巨大卵巢巧克力囊肿的患者，剖腹手术是更合适的选择。
除了上述两种手术方法，还有保留卵巢功能的手术。这种手术会切除盆腔内的病灶和子宫，但同时会保留一侧卵巢或部分卵巢，以维持患者的卵巢功能。这种手术适用于45岁以下且无生育要求的重症患者。需要注意的是，少数患者在术后可能会复发。
根治性手术是一种极端的措施，适用于45岁以上近绝经期的重症患者。这种手术会切除子宫、双侧附件及盆腔内所有内膜病灶。
无论选择哪种手术方式，患者都需要在医生的指导下进行决策，并充分了解各种手术方式的优缺点以及可能的风险。